Il est le fils de John Hill Millspaugh et de Marion E. née Cornell. Il étudie à l’université Cornell de 1872 à 1873 et obtient à New York son titre de docteur en médecine en 1881. Il se marie avec Mary Louisa Spaulding le . Il pratique la médecine à Binghamton de 1881 à 1890, à Waverly de 1890 à 1891 avant d’enseigner la botanique à l’université de la Virginie de l’ouest de 1891 à 1893. À partir de 1894, il est conservateur au département de botanique du Field Museum of Natural History de Chicago, à partir de 1895, enseigne la botanique économique à l’université de la ville et, à partir de 1897, également à l’école de médecine. En 1910, trois ans après le décès de sa femme, il se remarie avec Clara Isabel Mitchell.
American Medicinal Plants. An illustrated and descriptive guide to the American plants used as homoeopathic remedies, etc. (Boericke & Tafel, New York, 1884).
Plantæ Utowanæ. Plants collected in Bermuda, Porto Rico, St. Thomas, Culebras, Santo Domingo, Jamaica, Cuba, The Caymans, Cozumel, Yucatan, and the Alacran Shoals. Dec. 1898 to Mar. 1899, etc. (Chicago, 1900).
Flora of the Sand Keys of Florida (Chicago, 1907).
Révision de l’ouvrage de Charles McIlvaine (1840-1909) et de Robert K. McAdam, Toadstools, Mushrooms, Fungi, edible and poisonous. One thousand American fungi... (Bobbs-Merrill Co., Indianapolis, 1912).
Allen G. Debus (dir.) (1968). World Who’s Who in Science. A Biographical Dictionary of Notable Scientists from Antiquity to the Present. Marquis-Who’s Who (Chicago) : xvi + 1855 p.