Mais avec le retour des Bourbons dès le mois de , il fut expulsé vers la France[2]. Il se rendit à Marseille, puis à Dijon et s'engagea dans la musique des armées napoléoniennes comme joueur de serpent grâce à un chef de musique d'origine italienne qu'il avait connu à Naples. La plupart des musiciens étaient italiens ; il y avait parmi eux des chanteurs pour qui Pavesi composa des mélodies comme Oh inaspettato felice istante (pour ténor et guitare). Il suggéra de donner des concerts dans les villes qu'ils visitaient[3].
Il quitta l'armée après la bataille de Marengo (1800) et retourna dans sa famille puis se rendit à Venise où le compositeur Giuseppe Gazzaniga le prit sous sa protection et l'aida à créer son premier opéra, L'avviso ai gelosi, en 1803[4], qui fut suivi de plusieurs autres. Appelé à Milan à l'automne 1804, il revint à Venise dès 1805 où il connut son premier vrai succès avec Fingallo et Camala, premier opéra italien inspiré par les récits ossianiques. Il donna également des œuvres à Naples, Bologne, Bergame, Turin et Milan, mais c'est Venise qui resta toujours le centre de son activité musicale.
Après la création du royaume lombard-vénitien sous domination autrichienne en 1815, Pavesi retourna à Crema où il partagea le poste de maître de chapelle de la cathédrale avec Gazzaniga avant de lui succéder en 1818, mais passant toujours quelques mois de l'année à Venise. Il succéda ensuite à Antonio Salieri comme directeur de l'Opéra-Italien de Vienne de 1820 à 1826.
Au début de sa carrière, il donna des ouvrages dans le genre buffo dont les plus célèbres sont La fiera di Brindisi (1804) et surtout Ser Marcantonio (1810), qui connut 54 représentations d'affilée à la Scala de Milan, et dont on se souvient surtout aujourd'hui parce que son livret a servi de base à celui de Don Pasquale (1843) de Gaetano Donizetti.
Il s'essaya également au genre semi seria avec des ouvrages tels que Il monastero, La giardiniera abruzzese, La gioventù di Giulio Cesare (1814) et Il trionfo delle belle (1809), qui a inspiré Matilde di Shabran (1821) de Rossini. Plusieurs des livrets qu'il utilisa furent d'ailleurs ultérieurement mis en musique par Rossini, notamment Tancredi et Edoardo e Cristina.
Pavesi s'orienta enfin vers des opéras plus sérieux et déjà marqués par la sensibilité romantique comme Ines d'Almeida, Egilda di Provenza, Il solitario ed Eloidia, La dama bianca di Avenello, tiré d'un roman de Walter Scott, Gli Arabi nelle Gallie, drame épique mettant en scène les affrontements entre Francs et Arabes dans les années 700.
Ses opéras les plus notables restent sa version de l'histoire de Cendrillon : Agatina (1814), qui mêle un rythme comique endiablé avec le sentimentalisme de l'époque ; ainsi que : Fenella ossia La muta di Portici (1831), opéra en quatre actes sur le même sujet que La Muette de Portici (1828) d'Auber mais plus sombre et plus dramatique et annonçant déjà Verdi.
L'avviso ai gelosi (autres titres : L'avvertimento ai gelosi ; Un avvertimento ai gelosi ; La scuola dei gelosi), farce en un acte, livret de Giuseppe Foppa, Venise, Teatro San Benedetto, 7 août
L'anonimo (autre titre : L'amante anonimo), opera buffa en un acte, Venise, Teatro (Zane a) San Moisè, automne
I castelli in aria ossia Gli amanti per accidenti, opera buffa en un acte, livret de Giuseppe Foppa d'après Les Châteaux en Espagne de Jean-François Collin d'Harleville, Vérone, automne
La forza dei simpatici ossia Lo stratagemma per amore, Vérone, 26 décembre ; reprise : Venise, carnaval 1813
Amare, e non voler essere amante ossia L'abitore del bosco, opera buffa en 2 actes, livret de Giuseppe Foppa, Venise, Fenice, 25 avril ; Milan, Teatro alla Scala, 27 septembre, version revue sous le titre L'incognito
I cherusci (autres titres : I riti cherusci ; Dattalo e Amanzia), melodramma eroico en 2 actes, livret de Gaetano Rossi, Venise, Fenice, 22 janvier ; reprise : Milan, été 1818 (version revue, titre : Gli antichi Cherusci)
Sapersi scegliere un degno sposo ossia Amor vero, e amor interessato (autre titre : L'amor vero), farce en un acte, livret de Giuseppe Foppa, Venise, Fenice, 11 avril
Il maldicente o sia La bottega del caffè, opera buffa en 2 actes, livret d'Antonio (?) [Gaetano (?)] Gasbarri, d'après La bottega del caffè de Carlo Goldoni, Florence, Teatro della Pergola, automne ; Bologne,
Il trionfo delle belle (autres titres : Corradino ; Corradino cuori di ferro ; Il trionfo del bel sesso ; Elena e Corrado ; L'odio delle donne), dramma eroi-comico en un acte, livret de Gaetano Rossi, Venise, Teatro (Zane a) San Moisè, 3 février
Ippolita, regina delle amazzoni, melodramma eroico, livret de Gaetano Rossi, Bergame (ouverture du nouvel opéra) ; Venise, Teatro Ricciardi, été
Elisabetta d'Inghilterra, dramma serio en 2 actes, Turin, Teatro Regio, 26 décembre
Arminia, dramma per musica en 2 actes, livret de Marco Landi, Milan, Teatro alla Scala, 3 février
I gauri, Venise, Fenice, carnaval
Ser Marcantonio, opera buffa en 2 actes, livret d'Angelo Anelli, Milan, 27 septembre (Un enregistrement Naxos en première mondiale, issu d'un spectacle de 2011 au festival de Bad Wildbad, est sorti en , sous la direction de Massimo Spadano)
↑Selon Fétis qui indique qu'il écrit sa notice « d'après des renseignements que Pavesi [lui] envoya en 1828 » : « Le recteur de l'école imagina de se rendre agréable au gouvernement, en livrant tous les élèves cisalpins aux Calabrais armés, dont la présence glaçait d'effroi tous les Napolitains : Pavesi subit leur sort. Traîné de prison en prison pendant plusieurs mois, il fut enfin placé sur des bâtiments démâtés dont le service était celui des galères. Ne sachant que faire de ces jeunes gens, on les envoya à Marseille, où l'hospitalité française leur fit oublier leurs disgrâces. »
↑V. Fétis citant le témoignage du compositeur : « La plus grande difficulté consistait à se vêtir, car il ne leur était pas permis de monter sur les théâtres avec leur uniforme. Ils imaginèrent de chercher des habits dans les magasins de ces théâtres, et parurent quelquefois sous des accoutrements bizarres, dont Pavesi faisait plus tard une description fort plaisante à ses amis. »
↑C'est sans doute l'opéra qu'évoque Pavesi cité par Fétis : « Je ne puis passer sous silence la chute de l'ouvrage que j'allai ensuite écrire pour le carnaval au théâtre Valle de Rome ; poète, musiciens et chanteurs, nous nous y montrâmes tous des misérables, à l'exception de Pellegrini ; et je dois ajouter que nous fûmes bien secondés par les décorations et par les costumes, qu'on avait faits en papier peint. »
↑Selon Fétis : composé en 1807 et pour l'ouverture du nouvel opéra de Pise
(fr) François-Joseph Fétis, Biographie universelle des musiciens et bibliographie générale de la musique, 2e édition, Paris, Firmin-Didot, 1866-1868, 8 vol., tome VI, p. 470
(it) Maurizio Giarda, « Stefano Pavesi », sur www.primonumero.it (consulté le )