Na zijn terugkomst in Amerika verzorgde hij live synthesizerconcerten met eigen werk met klassieke stomme films en speelde jazzpiano in lounges en nachtclubs.
Van 1986 tot 1991 was hij assistent-professor voor compositie aan het Oberlin Conservatory of Music in Oberlin (Ohio). In 1991 werd hij uitgenodigd om Leslie Bassett als professor voor compositie aan de "School of Music" van de Universiteit van Michigan in Ann Arbor te vervangen. Van 1998–2001 was hij - naast William Bolcom - tweede voorzitter van de afdeling compositie en vanaf 2002-2006 was hij hoofd van deze afdeling bij de Universiteit van Michigan. Hij was in deze functie ook jurylid van instituten en organisaties, die bekende compositiewedstrijden organiseren, bijvoorbeeld de Broadcast Music Incorporated (BMI) Student Composers Awards, de Guadeamus International Composers Competition en de Detroit Symphony Orchestra's Elaine Lebenborn Award for Female Composers.
Zijn doorbraak als componist beleefde hij in 1987 toen zijn werk Snap! de Kennedy Center Friedheim Award won. Sindsdien heeft hij als componist een niche in de muziekwereld gevuld die uitsluitend door hem werd bediend: het schrijven van concertmuziek geïnspireerd door hedendaagse Amerikaanse popcultuur. Zijn Metropolis Symfonie voor orkest, en Bizarro voor harmonieorkest behoren naast Desi voor harmonieorkest in deze categorie. Hij ontving voor zijn werken talrijke prijzen en onderscheidingen, zoals de "lovende erkenning" van de American Academy and Institute of Arts and Letters en studiebeurzen van bekende inrichtingen en organisaties.
Daugherty was huiscomponist van bekende instellingen zoals Detroit Symphony Orchestra (1999–2003), Louisville Orchestra (2000), Colorado Symphony Orchestra (2001–02), Cabrillo Festival of Contemporary Music (2001–04, 2006–08), Westshore Symphony Orchestra (2005–06), Eugene Symphony (2006), het Henry Mancini Institute (2006) en het Music from Angel Fire Chamber Music Festival (2006).
1987Blue Like an Orange, voor groot ensemble (piccolo, hobo, Es klarinet, basklarinet, trompet, hoorn, bastrombone, 3 slagwerkers, synthesizer, viool, altviool, cello, contrabas)