Phường (11): Bích Đào · Đông Thành · Nam Bình · Nam Thành · Ninh Khánh · Ninh Phong · Ninh Sơn · Phúc Thành · Tân Thành · Thanh Bình · Vân Giang Xã (3): Ninh Nhất · Ninh Phúc · Ninh Tiến
Phường (6): Bắc Sơn · Nam Sơn · Tân Bình · Tây Sơn · Trung Sơn · Yên Bình Xã (3): Đông Sơn · Quang Sơn · Yên Sơn
Thị trấn (1): Me (huyện lỵ) Xã (20): Gia Hòa · Gia Hưng · Gia Lạc · Gia Lập · Gia Minh · Gia Phong · Gia Phú · Gia Phương · Gia Sinh · Gia Tân · Gia Thanh · Gia Thắng · Gia Thịnh · Gia Tiến · Gia Trấn · Gia Trung · Gia Vân · Gia Vượng · Gia Xuân · Liên Sơn
Thị trấn (1): Thiên Tôn (huyện lỵ) Xã (10): Ninh An · Ninh Giang · Ninh Hải · Ninh Hòa · Ninh Khang · Ninh Mỹ · Ninh Thắng · Ninh Vân · Ninh Xuân · Trường Yên
Thị trấn (2): Phát Diệm (huyện lỵ) · Bình Minh Xã (24): Ân Hòa · Chất Bình · Cồn Thoi · Định Hóa · Đồng Hướng · Hồi Ninh · Hùng Tiến · Kim Chính · Kim Định · Kim Đông · Kim Hải · Kim Mỹ · Kim Tân · Kim Trung · Lai Thành · Lưu Phương · Như Hòa · Quang Thiện · Tân Thành · Thượng Kiệm · Văn Hải · Xuân Chính · Yên Lộc
Thị trấn (1): Nho Quan (huyện lỵ) Xã (26): Cúc Phương · Đồng Phong · Đức Long · Gia Lâm · Gia Sơn · Gia Thủy · Gia Tường · Kỳ Phú · Lạc Vân · Lạng Phong · Phú Long · Phú Lộc · Phú Sơn · Quảng Lạc · Quỳnh Lưu · Sơn Hà · Sơn Lai · Sơn Thành · Thạch Bình · Thanh Lạc · Thượng Hòa · Văn Phong · Văn Phú · Văn Phương · Xích Thổ · Yên Quang
Thị trấn (1): Yên Ninh (huyện lỵ) Xã (18): Khánh An · Khánh Công · Khánh Cư · Khánh Cường · Khánh Hải · Khánh Hòa · Khánh Hội · Khánh Hồng · Khánh Lợi · Khánh Mậu · Khánh Nhạc · Khánh Phú · Khánh Thành · Khánh Thiện · Khánh Thủy · Khánh Tiên · Khánh Trung · Khánh Vân
Thị trấn (1): Yên Thịnh (huyện lỵ) Xã (16): Khánh Dương · Khánh Thịnh · Khánh Thượng · Mai Sơn · Yên Đồng · Yên Hòa · Yên Hưng · Yên Lâm · Yên Mạc · Yên Mỹ · Yên Nhân · Yên Phong · Yên Thái · Yên Thành · Yên Thắng · Yên Từ