Giáo hội Công giáo tại Nhật Bản hiện tại được tổ chức theo địa giới gồm có 3 giáo tỉnh là Tokyo, Ōsaka và Nagasaki. Trong các giáo tỉnh này bao gồm 16 giáo phận trực thuộc (3 tổng giáo phận và 13 giáo phận).
Tokyo · Niigata · Saitama · Sapporo · Sendai · Yokohama
Ōsaka – Takamatsu · Hiroshima · Kyōto · Nagoya ·
Nagasaki · Fukuoka · Kagoshima · Naha · Ōita
Takamatsu
Công giáo tại Nhật Bản · Hội đồng Giám mục Nhật Bản