Hai câu lạc bộ thua ở bán kết cùng đoạt giải Ba.[6]
Nếu kết quả hòa sau 90 phút thi đấu chính thức (hoặc sau khi xét tỷ số bàn thắng sân khách vẫn hòa nhau ở tứ kết và bán kết), hai đội sẽ thi đấu luân lưu 11m để xác định đội thắng.
Mỗi đội bóng đăng ký 11 cầu thủ thi đấu chính thức và 9 cầu thủ dự bị trong một trận đấu.
Nếu đội hạng Nhất gặp đội Ngoại hạng thì đội Ngoại hạng không được sử dụng ngoại binh. Còn nếu hai đội Ngoại hạng gặp nhau thì mỗi đội chỉ sử dụng tối đa 2 ngoại binh trên sân.
Mỗi đội được quyền thay đổi tối đa 3 cầu thủ trong trận đấu.
Trận chung kết của Cúp Quốc gia 2018 dự kiến được diễn ra trong hai lượt trận vào ngày 15 tháng 10 năm 2018, nhưng sau sự qua đời của Đỗ Mười và Trần Đại Quang, lịch thi đấu vòng 24, 25 và 26 của V.League 1 bị chuyển thời gian, dẫn đến ngày diễn ra các trận bán kết lượt về cũng bị thay đổi. Vì vậy, VPF đã quyết định tổ chức trận chung kết trong một lượt duy nhất.[9][10]
Đến cuối cùng, kể cả khi mình đã nhập học ở ngôi trường này. Vẫn không có gì thay đổi cả. Không, có lẽ là vì ngay từ ban đầu mình đã không có ý định thay đổi bất kì điều gì rồi. Mọi chuyện vẫn giống như ngày trước, bất kể mọi chuyện. Lý do thì cũng đơn giản thôi. ... Bởi vì, bản thân mình muốn thế.