David Baker (nhà hóa sinh)

David Baker
Baker vào năm 2024
Sinh	6 tháng 10, 1962 (62 tuổi) Seattle, Washington, Hoa Kỳ
Trường lớp	Đại học Harvard (Cử nhân Nghệ thuật) Đại học California, Berkeley (PhD)
Nổi tiếng vì	Thiết kế protein Dự đoán cấu trúc protein Rosetta@Home Fold.it
Phối ngẫu	Hannele Ruohola-Baker
Giải thưởng	Giải Nghiên cứu viên trẻ Beckman[1] Giải Overton Giải Feynman Công nghệ nano TED's Audacious Prize[2] Giải Đột phá Khoa học sinh học (2021) Giải Wiley (2022) BBVA Foundation Frontiers of Knowledge Award (2022) Giải Nobel Hóa học (2024)
Website	www.bakerlab.org
Sự nghiệp khoa học
Ngành	Sinh học tính toán
Nơi công tác	Đại học Washington Viện nghiên cứu y học Howard Hughes
Luận án	Reconstitution of intercompartmental protein transport in yeast extracts (1989)
Người hướng dẫn luận án tiến sĩ	Randy Schekman
Cố vấn nghiên cứu khác	David Agard
Các nghiên cứu sinh nổi tiếng	Richard Bonneau
Các sinh viên nổi tiếng	Brian Kuhlman, Tanja Kortemme

David Baker (sinh ngày 6 tháng 10 năm 1962) là một nhà hóa sinh, nhà sinh học tính toán người Mỹ, người tiên phong các phương pháp thiết kế protein, dự đoán cấu trúc protein. Ông là giáo sư hóa sinh, giáo sư thỉnh giảng về khoa học bộ gen, kỹ thuật sinh học, kỹ thuật hóa học, khoa học máy tính, vật lý tại Đại học Washington và nghiên cứu viên tại Viện nghiên cứu y học Howard Hughes. Ông được trao Giải Nobel Hóa học năm 2024 về công trình nghiên cứu thiết kế protein tính toán cùng với Demis Hassabis và John Jumper.^[3][4]

Baker là viện sĩ Viện Hàn lâm Khoa học Quốc gia Hoa Kỳ và giám đốc Viện Thiết kế protein của Đại học Washington.^[5] Ông đồng sáng lập hơn một chục công ty công nghệ sinh học và được vinh danh trên Time 100 người có ảnh hưởng nhất trong lĩnh vực y tế năm 2024.^[6]

Tiểu sử

Xuất thân và giáo dục

Baker sinh ra trong một gia đình Do Thái tại Seattle, Washington vào ngày 6 tháng 10 năm 1962. Bố ông là nhà vật lý Marshall Baker, mẹ ông là nhà địa vật lý Marcia (tên khai sinh Bourgin) Baker.^[7] Ông tốt nghiệp Trường Trung học Garfield ở Seattle.^[8]

Baker tốt nghiệp chuyên ngành sinh học với bằng Cử nhân Nghệ thuật từ Đại học Harvard vào năm 1984. Sau đó, ông học tiến sĩ ở Đại học California tại Berkeley trong phòng thí nghiệm của Randy Schekman ở Đại học California tại Berkeley, tập trung nghiên cứu vận chuyển protein trong men. Ông nhận bằng Doctor of Philosophy vào năm 1989.^[9] Năm 1993, Ông hoàn thành đào tại sau tiến sĩ về lý sinh học dưới David Agard tại Đại học California tại San Francisco

Sự nghiệp

Baker được tuyển làm giáo sư Khoa Hóa sinh Trường Y Đại học Washington vào năm 1993. Năm 2000, ông trở thành một nghiên cứu viên của Viện nghiên cứu y học Howard Hughes.^[10] Năm 2009, ông được bầu làm viện sĩ Viện Hàn lâm Khoa học và Nghệ thuật Hoa Kỳ.^[11]

Đời tư

Baker kết hôn với Hannele Ruohola-Baker, một nhà hóa sinh khác ở Đại học Washington. Hai người có hai đứa con.

Nghiên cứu

Baker chủ yếu được biết đến về việc phát triển các phương pháp sinh học tính toán để dự đoán và thiết kế cấu trúc, chức năng protein.^[12] Ông là tác giả của hơn 600 bài báo khoa học.^[13]

Tập thể của Baker phát triển thuật toán Rosetta để dự đoán cấu trúc protein ab initio. Thuật toán này được mở rộng thành Rosetta@home,^[12][14][15] một dự án điện toán phân tán để thiết kế protein, và trò chơi máy tính Foldit.^[16][17][18] Baker là giám đốc Rosetta Commons, một tổ chức quy tụ các phòng thí nghiệm, nhà nghiên cứu phát triển phần mềm dự đoán cấu trúc sinh học phân tử. Tập thể của Baker thường xuyên tham gia CASP, một cuộc thi đánh giá dự đoán cấu trúc protein.^[19][20] Nhóm của ông sử dụng trí tuệ nhân tạo để phát triển RoseTTAFold, một phiên bản mới của Rosetta.^[21][22]

Tập thể của Baker cũng tích cực hoạt động trong lĩnh vực thiết kế protein;^[23][24] nhóm của ông thiết kế Top7, protein nhân tạo đầu tiên với kiểu cuộn gập mới.^[25]

Viện Thiết kế protein của Baker nhận được khoản tài trợ 11 triệu đô la Mỹ từ Open Philanthropy vào năm 2017^[26][27] và thêm một khoản tài trợ ba triệu đô la Mỹ vào năm 2021.^[28]

Baker đồng sáng lập một số công ty công nghệ sinh học, bao gồm Prospect Genomics (được một công ty con của Eli Lilly mua lại vào năm 2001)^[29] và Icosavax (được AstraZeneca mua lại vào năm 2023).^[30]

Giải thưởng

Baker phát biểu tại Tuần lễ Nobel 2024

Baker được trao Giải Overton (2002),^[31] Giải Quốc tế Sackler Lý sinh học (2008),^[32] Giải Wiley (2022)^[33] và Giải Tiền tuyến kiến thức của Quỹ BBVA (2022) về công trình nghiên cứu cuộn gập protein.^[34]

Baker được trao Giải Newcomb Cleveland và Giải Feynman Công nghệ nano vào năm 2004^[35][36] và Giải Đột phá Khoa học sinh học vào năm 2021 về công trình nghiên cứu thiết kế protein.^[37]

Năm 2024, Baker được trao Giải Nobel Hóa học về công trình nghiên cứu thiết kế protein cùng với John M. Jumper và Demis Hassabis, hai người phát triển AlphaFold, một chương trình dự đoán cấu trúc protein.^[3][4]

Xem thêm

• Danh sách người Do Thái đoạt giải Nobel

Tham khảo

1. “David Baker”. Arnold and Mabel Beckman Foundation. Bản gốc lưu trữ ngày 2 tháng 8 năm 2018. Truy cập ngày 1 tháng 8 năm 2018.
2. “Institute for Protein Design wins $45M in funding from TED's Audacious Project”. 17 tháng 4 năm 2019. Lưu trữ bản gốc ngày 18 tháng 4 năm 2019. Truy cập ngày 18 tháng 4 năm 2019.
3. ^ “The Nobel Prize in Chemistry 2024”. Nobel Media AB. Lưu trữ bản gốc ngày 9 tháng 10 năm 2024. Truy cập ngày 9 tháng 10 năm 2024.
4. ^ “Press release: The Nobel Prize in Chemistry 2024”. NobelPrize.org (bằng tiếng Anh). Lưu trữ bản gốc ngày 9 tháng 10 năm 2024. Truy cập ngày 9 tháng 10 năm 2024.
5. “UW to Establish Institute for Protein Design” (bằng tiếng Anh). University of Washington. 13 tháng 4 năm 2012. Lưu trữ bản gốc ngày 15 tháng 1 năm 2019. Truy cập ngày 14 tháng 1 năm 2019.
6. Henshall, Will (2 tháng 5 năm 2024). “David Baker”. Time (bằng tiếng Anh). Bản gốc lưu trữ ngày 9 tháng 10 năm 2024. Truy cập ngày 30 tháng 9 năm 2024.
7. JINFO. “Jewish Nobel Prize Winners in Chemistry”. www.jinfo.org. Truy cập ngày 9 tháng 10 năm 2024.
8. Smith, Jenn (9 tháng 10 năm 2024). “David Baker, a UW professor who grew up in Seattle, wins Nobel Prize”. The Seattle Times.
9. Baker, David (1989). Reconstitution of Intercompartmental Protein Transport in Yeast Extracts (Luận văn). University of California, Berkeley. OCLC 905883076. ProQuest 303670112.
10. “David Baker, PhD”. hhmi.org (bằng tiếng Anh). Howard Hughes Medical Institute. Truy cập ngày 30 tháng 9 năm 2024.
11. “Book of Members, 1780–2010: Chapter B” (PDF). American Academy of Arts and Sciences. Lưu trữ (PDF) bản gốc ngày 8 tháng 7 năm 2018. Truy cập ngày 5 tháng 5 năm 2011.
12. ^ Howes, Laura (23 tháng 7 năm 2019). “Protein wrangler, serial entrepreneur, and community builder: Inside David Baker's brain”. Chemical & Engineering News.
13. David Baker công bố được lập chỉ mục bởi Google Scholar
14. Castillo, Oscar; Melin, Patricia; Kacprzyk, Janusz biên tập (2018). Fuzzy Logic Augmentation of Neural and Optimization Algorithms: Theoretical Aspects and Real Applications. Springer. tr. 455. ISBN 9783319710075. Lưu trữ bản gốc ngày 9 tháng 10 năm 2024. Truy cập ngày 2 tháng 8 năm 2018.
15. Bonneau, Richard; Ruczinski, Ingo; Tsai, Jerry; Baker, David (tháng 8 năm 2002). “Contact order and ab initio protein structure prediction”. Protein Science. 11 (8): 1937–1944. doi:10.1110/ps.3790102. PMC 2373674. PMID 12142448.
16. Hand, E. (2010). “Citizen science: People power”. Nature. 466 (7307): 685–687. doi:10.1038/466685a. PMID 20686547.
17. Hand, E. (2010). “Citizen science: People power”. Nature. 466 (7307): 685–687. doi:10.1038/466685a. PMID 20686547.
18. Marshall, Jessica (22 tháng 1 năm 2012). “Victory for crowdsourced biomolecule design”. Nature. Nature Publishing Group. doi:10.1038/nature.2012.9872. Lưu trữ bản gốc ngày 4 tháng 2 năm 2024. Truy cập ngày 30 tháng 9 năm 2024.
19. Dimaio, F.; Terwilliger, T. C.; Read, R. J.; Wlodawer, A.; Oberdorfer, G.; Wagner, U.; Valkov, E.; Alon, A.; Fass, D.; Axelrod, H. L.; Das, D.; Vorobiev, S. M.; Iwaï, H.; Pokkuluri, P. R.; Baker, D. (2011). “Improved molecular replacement by density- and energy-guided protein structure optimization”. Nature. 473 (7348): 540–3. Bibcode:2011Natur.473..540D. doi:10.1038/nature09964. PMC 3365536. PMID 21532589.
20. Qian, B.; Raman, S.; Das, R.; Bradley, P.; McCoy, A. J.; Read, R. J.; Baker, D. (2007). “High-resolution structure prediction and the crystallographic phase problem”. Nature. 450 (7167): 259–64. Bibcode:2007Natur.450..259Q. doi:10.1038/nature06249. PMC 2504711. PMID 17934447.
21. “Protein structures for all”. Science (bằng tiếng Anh). American Association for the Advancement of Science. 16 tháng 12 năm 2021. Lưu trữ bản gốc ngày 16 tháng 12 năm 2022. Truy cập ngày 30 tháng 9 năm 2024.
22. “Protein structures for all”. Science (bằng tiếng Anh). American Association for the Advancement of Science. 16 tháng 12 năm 2021. Lưu trữ bản gốc ngày 16 tháng 12 năm 2022. Truy cập ngày 30 tháng 9 năm 2024.
23. Howes, Laura (23 tháng 7 năm 2019). “Protein wrangler, serial entrepreneur, and community builder: Inside David Baker's brain”. Chemical & Engineering News.
24. Zimmer, Carl (26 tháng 12 năm 2017). “Scientists Are Designing Artisanal Proteins for Your Body”. The New York Times. Lưu trữ bản gốc ngày 2 tháng 8 năm 2018. Truy cập ngày 2 tháng 8 năm 2018.
25. Kuhlman, Brian; Dantas, Gautam; Ireton, Gregory C.; Varani, Gabriele; Stoddard, Barry L.; Baker, David (21 tháng 11 năm 2003). “Design of a Novel Globular Protein Fold with Atomic-Level Accuracy”. Science. 302 (5649): 1364–1368. Bibcode:2003Sci...302.1364K. doi:10.1126/science.1089427. PMID 14631033. S2CID 1939390.
26. “Open Philanthropy awards $11.3 million to the Institute for Protein Design”. Institute for Protein Design (bằng tiếng Anh). 4 tháng 4 năm 2018. Truy cập ngày 9 tháng 10 năm 2024.
27. “University of Washington — Universal Flu Vaccine and Computational Protein Design (David Baker and Neil King)”. Open Philanthropy (bằng tiếng Anh). tháng 11 năm 2017. Truy cập ngày 9 tháng 10 năm 2024.
28. “University of Washington — Protein Design Research (David Baker)”. Open Philanthropy (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 9 tháng 10 năm 2024.
29. Hamilton, David (2001). “Structural GenomiX to Acquire Research Firm Prospect Genomics”. Lưu trữ bản gốc ngày 9 tháng 10 năm 2024. Truy cập ngày 15 tháng 9 năm 2024.
30. Soper, Taylor (12 tháng 12 năm 2023). “AstraZeneca will pay up to $1.1B to acquire Icosavax, a Univ. of Washington biotech spinout”. GeekWire. Lưu trữ bản gốc ngày 15 tháng 7 năm 2024. Truy cập ngày 1 tháng 10 năm 2024.
31. “2002 Overton Prize Winner – David Baker”. iscb.org. International Society for Computational Biology. Truy cập ngày 30 tháng 9 năm 2024.
32. Leila Gray (24 tháng 11 năm 2008). “University of Washington biochemist David Baker to receive 2008 Sackler International Prize in Biophysics for discoveries in protein folding”. University of Washington. Truy cập ngày 29 tháng 4 năm 2013.
33. “The Wiley Prize in Biomedical Sciences”. wiley.com. Lưu trữ bản gốc ngày 14 tháng 3 năm 2023. Truy cập ngày 30 tháng 9 năm 2024.
34. “BBVA Foundation Frontiers of Knowledge Award 2022”. Lưu trữ bản gốc ngày 21 tháng 9 năm 2021. Truy cập ngày 25 tháng 1 năm 2023.
35. “Newcomb Cleveland Prize Recipients”. aaas.org. Lưu trữ bản gốc ngày 11 tháng 12 năm 2023. Truy cập ngày 30 tháng 9 năm 2024.
36. “Winners of the 2004 Feynman Prizes in Nanotechnology”. foresight.org. Lưu trữ bản gốc ngày 9 tháng 10 năm 2024. Truy cập ngày 30 tháng 9 năm 2024.
37. “Breakthrough Prize – Winners Of The 2021 Breakthrough Prizes In Life Sciences, Fundamental Physics And Mathematics Announced”. breakthroughprize.org. Lưu trữ bản gốc ngày 26 tháng 1 năm 2021. Truy cập ngày 13 tháng 12 năm 2021.

Liên kết ngoài

• David Baker online talk: "Crowd Sourcing Protein Folding: Rosetta@Home and FoldIt" Lưu trữ tháng 7 2, 2017 tại Wayback Machine
• David Baker online seminar: "Introduction to Protein Design" Lưu trữ tháng 4 1, 2016 tại Wayback Machine
• David Baker online seminar: "Design of New Protein Functions" Lưu trữ tháng 4 1, 2016 tại Wayback Machine