Giải bóng đá nữ vô địch quốc gia 2006 có tên gọi chính thức là Giải bóng đá nữ Vô địch Quốc gia - Cúp VAPower Việt Á 2006 là mùa giải lần thứ 9 do VFF tổ chức và Công ty Cổ phần tập đoàn thương mại công nghiệp Việt Á tài trợ. Tham dự giải năm nay vẫn gồm 6 gương mặt cũ, đó là Hà Nội, Than Cửa Ông, Thái Nguyên, Hà Tây, Thành phố Hồ Chí Minh và Hà Nam. Các đội sẽ thi đấu vòng tròn 2 lượt tính điểm xếp hạng.[1][2]
Tính tổng số điểm của các Đội đạt được để xếp thứ hạng.
Nếu có từ 2 đội trở lên bằng điểm nhau, trước hết sẽ tính kết quả các trận đấu giữa các đội đó với nhau theo thứ tự: số điểm; hiệu số bàn thắng-bàn thua; số bàn thắng. Nếu các chỉ số này vẫn bằng nhau thì tiếp tục xét các chỉ số của toàn bộ các trận đấu trong giải theo thứ tự: Hiệu số của tổng số bàn thắng- tổng số bàn thua; tổng số bàn thắng. Nếu vẫn bằng nhau sẽ tổ chức bốc thăm để xác định đội xếp trên.
Hai đội đứng đầu bảng đấu sẽ bước vào chơi trận chung kết để xác định nhà vô địch còn hai đội xếp thứ ba và thứ 4 sẽ tranh huy chương đồng.[3]