Biến thể đáng lo ngại

Ảnh hiển vi điện tử một biến thể gây COVID-19

Biến thể đáng lo ngại (tiếng Anh: variant of concern, viết tắt là VOC) của SARS-CoV-2, virus gây bệnh COVID-19, là các biến thể của virus này trong đó đột biến điểm ở miền liên kết thụ thể (RBD) làm tăng ái lực liên kết với tế bào chủ, tạo ra dạng đột biến N501Y,^[1] gây ra kháng nguyên RBD-hACE2 không hoặc ít chịu tác động của một số loại văc-xin mới chế tạo và liên quan đến sự lây lan nhanh chóng trong quần thể người.^[2][3] Trong tự nhiên, virut và vi khuẩn luôn luôn có đột biến như các loài sinh vật khác. Tuy nhiên, các sinh vật khác (sinh vật đa bào) khi bị đột biến thường giảm sức sống, bị quái thai, dị dạng và thường chết; trong khi đó, virut và vi khuẩn đột biến lại thường tồn tại và phát triển, miễn là dạng đột biến đó vẫn sinh sản được.

Trước phát hiện này, một số biến thể mới phát hiện đã được gọi là biến thể được quan tâm (variant of interest).^[4] Sau khi phát hiện các dòng biến thể này, thì chúng đã được đưa vào hệ thống danh pháp PANGOLIN (phát sinh loài các dòng bùng phát toàn cầu đã đặt tên),^[5] và xuất hiện trong hệ thống của tổ chức Nextstrain cũng như của tổ chức GISAID.^[6][7]

Gần đây (tính đến tháng 6 năm 2021), trong đại dịch COVID-19, thì virut SARS-CoV-2 đã liên tục phát sinh đột biến, với một số tổ hợp đột biến điểm đáng quan tâm và đáng lo ngại hơn nhiều những chủng trước đây,^[8] do chúng lây truyền nhanh và độc lực mạnh hơn; đồng thời liên quan đến sự xuất hiện của các dạng kháng nguyên trốn (antigenic escape) tức là dòng này có khả năng thoát miễn dịch hay tránh miễn dịch của hệ thống miễn dịch ở vật chủ, do các kháng thể của vật chủ không nhận biết và loại bỏ được chúng.

Từ nguyên

Thuật ngữ VOC ban đầu được gọi là "biến thể quan tâm" (variants of interest) hoặc "biến thể đang được điều tra" (variants under investigation) đang chờ xác minh và xác thực các thuộc tính cơ bản của các dòng mới phát sinh. Sau khi đã được chứng minh xác thực, các biến thể kiểu này được các tổ chức giám sát có đủ trách nhiệm và quyền hạn, chẳng hạn như CDC,^[9][10][11] đổi tên thành thật ngữ này, nhằm nâng cấp cảnh báo về các dòng này.^[12]

Tiêu chí khác

Trong đại dịch COVID-19, một số tổ chức y tế quốc gia và quốc tế, như Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa Dịch bệnh (CDC Mỹ), Y tế Công cộng Anh (PHE) và COVID-19 Genomics UK Consortium Vương quốc Anh và Mạng lưới COVID Genomics Canada, đã sử dụng các tiêu chí sau để đánh giá các biến thể:^[13][14]

• Tăng khả năng truyền
• Tăng tỷ lệ mắc bệnh
• Tăng tỷ lệ tử vong
• Tăng nguy cơ mắc "COVID lâu dài"
• Khả năng tránh bị phát hiện bằng các xét nghiệm chẩn đoán
• Giảm tính nhạy cảm với thuốc kháng vi-rút (khi đã dùng những loại thuốc này)
• Giảm tính nhạy cảm với các kháng thể trung hòa, hoặc trị liệu (ví dụ, huyết tương dưỡng bệnh hoặc kháng thể đơn dòng) hoặc trong các thí nghiệm trong phòng thí nghiệm
• Khả năng tránh miễn dịch tự nhiên (ví dụ, gây ra tái nhiễm trùng)
• Khả năng lây nhiễm cho các cá thể được tiêm chủng
• Tăng nguy cơ mắc các tình trạng cụ thể như hội chứng viêm đa hệ hoặc COVID đường dài.
• Tăng ái lực với các nhóm nhân khẩu học hoặc lâm sàng cụ thể, chẳng hạn như trẻ em hoặc người bị suy giảm miễn dịch.

Phân loại theo từng quốc gia

Tổ chức y tế thế giới

WHO duy trì một danh sách các biến thể đáng lo ngại toàn cầu.^[15] Vào ngày 26 tháng 11 năm 2021, WHO đã thêm một biến thể quan tâm thứ năm, biến thể Omicron, trước đây được gọi là B.1.1.529. ^[16] Omicron tham gia cùng với các biến thể Alpha, Beta, Gamma và Delta.

Nguồn tham khảo

• Bar-On YM, Flamholz A, Phillips R, Milo R (tháng 4 năm 2020). “SARS-CoV-2 (COVID-19) by the numbers”. eLife. 9. arXiv:2003.12886. Bibcode:2020arXiv200312886B. doi:10.7554/eLife.57309. PMC 7224694. PMID 32228860.
• Brüssow H (tháng 5 năm 2020). “The Novel Coronavirus - A Snapshot of Current Knowledge”. Microbial Biotechnology. 13 (3): 607–612. doi:10.1111/1751-7915.13557. PMC 7111068. PMID 32144890.
• Cascella M, Rajnik M, Aleem A, Dulebohn S, Di Napoli R (tháng 1 năm 2020). “Features, Evaluation and Treatment Coronavirus (COVID-19)”. StatPearls. PMID 32150360. Lưu trữ bản gốc ngày 6 tháng 4 năm 2020. Truy cập ngày 4 tháng 4 năm 2020.
• Laboratory testing for coronavirus disease 2019 (COVID-19) in suspected human cases (Bản báo cáo). World Health Organization. ngày 2 tháng 3 năm 2020. hdl:10665/331329.
• Zoumpourlis V, Goulielmaki M, Rizos E, Baliou S, Spandidos DA (tháng 10 năm 2020). “[Comment] The COVID‑19 pandemic as a scientific and social challenge in the 21st century”. Molecular Medicine Reports (Review). 22 (4): 3035–3048. doi:10.3892/mmr.2020.11393. PMC 7453598. PMID 32945405.

Tham khảo

1. Michael Burgess. “N501Y mutation in SARS-CoV-2 responsible for increased viral transmission”.
2. “Lumit™ SARS-CoV-2 Spike RBD: hACE2 Immunoassay”.
3. Shahhosseini, Nariman; Babuadze, George (Giorgi); Wong, Gary; Kobinger, Gary P. (tháng 5 năm 2021). “Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of Concern”. Microorganisms (bằng tiếng Anh). 9 (5): 926. doi:10.3390/microorganisms9050926. PMC 8146828. PMID 33925854.
4. “Variants: distribution of cases data”. GOV.UK. 28 tháng 1 năm 2021. At "Differences between a Variant of Concern and Variant Under Investigation". Truy cập ngày 19 tháng 2 năm 2021. SARS-CoV-2 variants, if considered to have concerning epidemiological, immunological, or pathogenic properties, are raised for formal investigation. At this point they are designated Variant Under Investigation (VUI) with a year, month, and number. Following a risk assessment with the relevant expert committee, they may be designated Variant of Concern (VOC)
5. Rambaut, A.; Holmes, E.C.; O’Toole, Á.; và đồng nghiệp (2020). “A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology”. Nature Microbiology. 5 (11): 1403–1407. doi:10.1038/s41564-020-0770-5. PMC 7610519. PMID 32669681.
6. Bedford, Trevor; Hodcroft, Emma B; Neher, Richard A (6 tháng 1 năm 2021). “Updated Nextstrain SARS-CoV-2 clade naming strategy”. nextstrain.org/blog. Truy cập ngày 19 tháng 1 năm 2021.
7. “clade tree (from 'Clade and lineage nomenclature')”. www.gisaid.org. ngày 4 tháng 7 năm 2020. Truy cập ngày 7 tháng 1 năm 2021.
8. Griffiths, Emma; Tanner, Jennifer; Knox, Natalie; Hsiao, Will; Van Domselaar, Gary (15 tháng 1 năm 2021). “CanCOGeN Interim Recommendations for Naming, Identifying, and Reporting SARS-CoV-2 Variants of Concern” (PDF). CanCOGeN (nccid.ca). Truy cập ngày 25 tháng 2 năm 2021.
9. “Variants: distribution of cases data”. GOV.UK. ngày 28 tháng 1 năm 2021. At "Differences between a Variant of Concern and Variant Under Investigation". Truy cập ngày 19 tháng 2 năm 2021. SARS-CoV-2 variants, if considered to have concerning epidemiological, immunological, or pathogenic properties, are raised for formal investigation. At this point they are designated Variant Under Investigation (VUI) with a year, month, and number. Following a risk assessment with the relevant expert committee, they may be designated Variant of Concern (VOC)
10. Griffiths, Emma; Tanner, Jennifer; Knox, Natalie; Hsiao, Will; Van Domselaar, Gary (ngày 15 tháng 1 năm 2021). “CanCOGeN Interim Recommendations for Naming, Identifying, and Reporting SARS-CoV-2 Variants of Concern” (PDF). CanCOGeN (nccid.ca). Truy cập ngày 25 tháng 2 năm 2021.
11. Investigation of SARS-CoV-2 variants of concern in EnglandTechnical briefing 6 ngày 13 tháng 2 năm 2021 (See section: Nomenclature of variants in the UK, P.3) assets.publishing.service.gov.uk, accessed ngày 27 tháng 2 năm 2021
12. CDC (ngày 11 tháng 2 năm 2020). “Cases, Data, and Surveillance”. Centers for Disease Control and Prevention (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 16 tháng 3 năm 2021.
13. Contributor, IDSA (ngày 2 tháng 2 năm 2021). “COVID "Mega-variant" and eight criteria for a template to assess all variants”. Science Speaks: Global ID News (bằng tiếng Anh). Bản gốc lưu trữ ngày 21 tháng 4 năm 2021. Truy cập ngày 20 tháng 2 năm 2021.
14. CDC. “Emerging SARS-CoV-2 Variants” (bằng tiếng Anh). Centers for Disease Control and Prevention. Truy cập ngày 4 tháng 1 năm 2021.  Bài viết này tích hợp văn bản từ nguồn này, vốn thuộc phạm vi công cộng.
15. “Tracking SARS-CoV-2 variants”. www.who.int (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 8 tháng 12 năm 2021.
16. “Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern”. www.who.int (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 8 tháng 12 năm 2021.

Liên kết ngoài

• “Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)”. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). ngày 11 tháng 2 năm 2020.
• “Coronavirus disease (COVID-19) Pandemic”. World Health Organization (WHO).
• “SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) Sequences”. National Center for Biotechnology Information (NCBI).
• “COVID-19 Resource Centre”. The Lancet.
• “Coronavirus (Covid-19)”. The New England Journal of Medicine.
• “Covid-19: Novel Coronavirus Outbreak”. Wiley. Bản gốc lưu trữ ngày 24 tháng 9 năm 2020. Truy cập ngày 25 tháng 7 năm 2021.
• “SARS-CoV-2”. Virus Pathogen Database and Analysis Resource.
• “SARS-CoV-2 related protein structures”. Protein Data Bank.