Các biến thể của SARS-CoV-2

Virus corona gây Hội chứng hô hấp cấp tính nặng 2 (SARS-CoV-2), loại virus gây bệnh coronavirus 2019 (COVID-19), có một số biến chủng (hay biến thể) đáng chú ý được cho là có tầm quan trọng đặc biệt.

Danh pháp

Danh pháp SARS-CoV-2^[1]

Dòng PANGO (danh pháp đề xuất của Nature)	Ghi chú cho dòng PANGO (Alm et al.Lỗi harv: không có mục tiêu: CITEREFAlm_et_al. (trợ giúp))	Nhánh NextstrainLỗi harv: không có mục tiêu: CITEREFNextstrain (trợ giúp), 2021[2]	Nhánh GISAID	Biến thể đáng chú ý
A.1–A.6		19B	S	gồm "trình tự tham chiếu" WIV04/2019[3]
B.3–B.7, B.9, B.10, B.13–B.16		19A	L
			O[a]
B.2			V
B.1	B.1.5–B.1.72	20A	G	Dòng B.1 trong hệ thống danh pháp dòng PANGO
	B.1.9, B.1.13, B.1.22, B.1.26, B.1.37		GH
	B.1.3–B.1.66	20C		Gồm CAL.20C[4]
		20G		Chủ yếu ở Hoa Kỳ, tháng 1.2021[4]
		20H		Gồm B.1.351 hay 20H/501Y.V2 hoặc 501.V2
	B.1.1	20B	GR	Gồm B.1.1.207
		20D		Gồm P.1 and P.2[5]
		20F
		20I		Gồm dòng B.1.1.7 aka VOC-202012/01 or 20I/501Y.V1
	B.1.177	20E (EU1)[2]	GV[a]	Có nguồn gốc từ 20A[2]

Không có danh pháp nào cho dòng dõi tiến hóa của SARS-CoV-2 được chấp nhận rộng rãi,^[7] nhưng kể từ tháng 1 năm 2021, Tổ chức Y tế Thế giới đang nghiên cứu "danh pháp chuẩn cho các biến thể SARS-CoV-2 mà không cần tham chiếu đến vị trí địa lý".^[8]

Trong khi có hàng nghìn biến chủng của SARS-CoV-2,^[9] Cũng có nhiều nhóm lớn hơn được gọi là nhánh. Một số danh pháp khác nhau cho SARS-CoV-2 đã được đề xuất.

• Kể từ tháng 12 năm 2020, GISAID gọi SARS-CoV-2 là hCoV-19^[10]—xác định bảy nhánh (O, S, L, V, G, GH, và GR).^[11]
• Cũng từ tháng 12 năm 2020, Nextstrain xác định được năm nhánh (19A, 19B, 20A, 20B, và 20C).^[12]
• Trong một bài báo trên tạp chí International Journal of Infectious Diseases , Guan và các cộng sự khác đã xác định năm nhánh trên toàn cầu (G₆₁₄, S₈₄, V₂₅₁, I₃₇₈ và D₃₉₂).^[13]
• Rambaut và các cộng sự đã đề xuất thuật ngữ "dòng dõi" trong một bài báo năm 2020 trên tạp chí Nature Microbiology; kể từ tháng 12 năm 2020, đã có năm dòng chính (A, B, B.1, B.1.1, và B.1.777) được xác định.^[14]

Các biến chủng đáng chú ý cụ thể

Các biến chủng liên quan đến đột biến N501Y

Đột biến N501Y biểu thị sự thay đổi từ asparagine (N) thành tyrosine (Y) ở vị trí amino-acid 501,^[15] được cho là làm tăng khả năng liên kết của virus với tế bào người.

501.V2

Bài chi tiết: Biến thể 501.V2

Biến chủng 501.V2, hay đơn giản là 501.V2, lần đầu tiên được phát hiện ở Nam Phi và được sở y tế của quốc gia này báo cáo vào ngày 18 tháng 12 năm 2020.^[16] Các nhà nghiên cứu và các quan chức báo cáo rằng tỷ lệ phổ biến của biến chủng này cao hơn ở những người trẻ tuổi không có tình trạng sức khỏe cơ bản và so với các biến thể khác, nó thường xuyên dẫn đến bệnh tật nghiêm trọng hơn trong những trường hợp đó.^[17][18] Bộ y tế Nam Phi cũng chỉ ra rằng biến chủng này có thể đang thúc đẩy làn sóng thứ hai của đại dịch COVID-19 tại quốc gia này do biến thể này lây lan với tốc độ nhanh hơn so với các biến thể trước đó.^[16][17]

Các nhà khoa học lưu ý rằng biến thể chứa một số đột biến cho phép nó gắn vào tế bào người dễ dàng hơn vì ba đột biến sau đây trong vùng liên kết thụ thể (RBD) trong glycoprotein tăng đột biến của virus: N501Y^[16][19], K417N, và E484K.^[20][21] Đột biến N501Y cũng đã được phát hiện ở Vương quốc Anh.^[16][22]

Dòng B.1.1.7

Bài chi tiết: Dòng B.1.1.7

Biến chủng VOC-202012/01 (Variant of Concern 202012/01),^[23] trước đây được gọi là Biến thể đầu tiên được Điều tra vào tháng 12 năm 2020 (Variant Under Investigation in December 2020, VUI – 202012/01)^[24] và cũng như dòng B.1.1.7,^[25][26] lần đầu tiên được phát hiện vào tháng 10 năm 2020 trong thời gian đại dịch COVID-19 tại Vương quốc Anh từ một mẫu được lấy vào tháng trước.^[27] Kể từ đó, tỷ lệ phổ biến của nó đã tăng gấp đôi cứ sau 6,5 ngày, khoảng thời gian thế hệ ước tính.^[28][29] Nó tương quan với sự gia tăng đáng kể tỷ lệ Nhiễm COVID-19 ở Vương quốc Anh. Sự gia tăng này được cho rằng ít nhất là một phần do sự thay đổi N501Y bên trong gai glycoprotein tăng đột biến của miền liên kết thụ thể, cần thiết để liên kết với ACE2 trong tế bào người

Cluster 5

Bài chi tiết: Biến thế Cluster 5

Cluster 5, Còn được gọi là ΔFVI-spike bởi Viện huyết thanh liên bang Danish (SSI), được phát hiện ở Bắc Jutlvà, Đan Mạch, và được cho là đã lây lan từ chồn sang người thông qua trang trại chồn. Vào ngày 4 tháng 11 năm 2020, đã có thông báo rằng dân số chồn ở Đan Mạch sẽ được tiêu hủy để ngăn chặn khả năng lây lan của đột biến này và giảm nguy cơ xảy ra các đột biến mới. Một lệnh cấm đi lại và hạn chế đi lại đã được đưa ra ở bảy thành phố tự trị của Bắc Jutlvà để ngăn chặn sự lây lan của đột biến, điều này có thể làm ảnh hưởng đến tình hình quốc gia hoặc các phản ứng quốc tế đối với đại dịch COVID-19 tại nước này.

Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) đã tuyên bố rằng Cluster 5 có "độ nhạy giảm vừa phải đối với các kháng thể trung hòa".^[30] SSI cảnh báo rằng đột biến có thể làm giảm tác dụng của vắc-xin COVID-19 đang được phát triển, mặc dù nó không có khả năng khiến chúng trở nên vô dụng. Sau khi được lệnh đóng cửa và thử nghiệm hàng loạt, SSI đã thông báo vào ngày 19 tháng 11 năm 2020 rằng cluster 5 trong tất cả các xác suất đã bị tuyệt chủng.^[31]

Tham khảo

1. This table is an adaptation and expansion of Alm et al., figure 1Lỗi harv: không có mục tiêu: CITEREFAlm_et_al. (trợ giúp).
2. ^ Bedford, Trevor; Hodcroft, Emma B; Neher, Richard A (ngày 6 tháng 1 năm 2021). “Updated Nextstrain SARS-CoV-2 clade naming strategy”. nextstrain.org/blog. Truy cập ngày 19 tháng 1 năm 2021.
3. Zhukova, Anna; Blassel, Luc; Lemoine, Frédéric; Morel, Marie; Voznica, Jakub; Gascuel, Olivier (ngày 24 tháng 11 năm 2020). “Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2”. Comptes Rendus Biologies: 1–20. doi:10.5802/crbiol.29. PMID 33274614. Bản gốc lưu trữ ngày 21 tháng 2 năm 2021. Truy cập ngày 8 tháng 3 năm 2021.
4. ^ Zhang, Wenjuan; Davis, Brian D.; Chen, Stephanie S.; Martinez, Jorge M Sincuir; Plummer, Jasmine T.; Vail, Eric (2021). “Emergence of a novel SARS-CoV-2 strain in Southern California, USA”. doi:10.1101/2021.01.18.21249786. S2CID 231646931.
5. PANGO lineages-Lineage B.1.1.28 cov-lineages.org, accessed ngày 4 tháng 2 năm 2021
6. “clade tree (from 'Clade and lineage nomenclature')”. www.gisaid.org. ngày 4 tháng 7 năm 2020. Truy cập ngày 7 tháng 1 năm 2021.
7. "6.8.7 Lineage classification". Genomic sequencing of SARS-CoV-2: a guide to implementation for maximum impact on public health. p. 56. Geneva: World Health Organization. 2021. Licence: CC BY-NC-SA 3.0 IGO. ISBN 978-92-4-001844-0.
8. World Health Organization (ngày 15 tháng 1 năm 2021). “Statement on the sixth meeting of the International Health Regulations (2005) Emergency Committee regarding the coronavirus disease (COVID-19) pandemic”. Truy cập ngày 18 tháng 1 năm 2021.
9. Koyama, Takahiko Koyama; Platt, Daniela; Parida, Laxmi (tháng 6 năm 2020). “Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes”. Bulletin of the World Health Organization. 98: 495–504. doi:10.2471/BLT.20.253591. We detected in total 65776 variants with 5775 distinct variants.
10. Alm, E.; Broberg, E. K.; Connor, T.; Hodcroft, E. B.; Komissarov, A. B.; Maurer-Stroh, S.; Melidou, A.; Neher, R. A.; O’Toole, Áine; Pereyaslov, D.; The WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group; và đồng nghiệp (2020). “Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020”. Euro Surveillance: Bulletin Europeen Sur les Maladies Transmissibles = European Communicable Disease Bulletin. 25 (32). doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410. PMC 7427299. PMID 32794443.
11. “hCoV-19 clades” (JPG). www.gisaid.org. Truy cập ngày 24 tháng 12 năm 2020.
12. “Nextclade”. clades.nextstrain.org. Truy cập ngày 24 tháng 12 năm 2020. Cited in Alm et al. (2020).
13. Guan, Qingtian; và đồng nghiệp (2020). “A genetic barcode of SARS-CoV-2 for monitoring global distribution of different clades during the COVID-19 pandemic”. International Journal of Infectious Diseases. 100. doi:10.1016/j.ijid.2020.08.052.
14. Rambaut, A.; Holmes, E.C.; O’Toole, Á.; và đồng nghiệp. “A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology”. Nature Microbiology. 5: 1403–1407. Cited in Alm et al. (2020).
    For all lineages of SARS-CoV-2 in this system, see "Lineages" at cov-lineages.org. Truy cập ngày 24 tháng 12 năm 2020.
15. COG-UK update on SARS-CoV-2 Spike mutations of special interest: Report 1 (PDF) (Bản báo cáo). COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK). ngày 20 tháng 12 năm 2020. tr. 7. Bản gốc (PDF) lưu trữ ngày 25 tháng 12 năm 2020. Truy cập ngày 1 tháng 1 năm 2021.
16. ^ “South Africa announces a new coronavirus variant”. The New York Times. ngày 18 tháng 12 năm 2020. Truy cập ngày 20 tháng 12 năm 2020.
17. ^ Wroughton, Lesley; Bearak, Max (ngày 18 tháng 12 năm 2020). “South Africa coronavirus: Second wave fueled by new strain, teen 'rage festivals'”. The Washington Post. Truy cập ngày 20 tháng 12 năm 2020.
18. Mkhize, Dr Zwelini (ngày 18 tháng 12 năm 2020). “Update on Covid-19 (18th December 2020)” (Thông cáo báo chí). South Africa. COVID-19 South African Online Portal. Truy cập ngày 23 tháng 12 năm 2020. Our clinicians have also warned us that things have changed and that younger, previously healthy people are now becoming very sick.
19. Abdool Karim, Salim S. (ngày 19 tháng 12 năm 2020). "The 2nd Covid-19 wave in South Africa:Transmissibility & a 501.V2 variant". 11th slide. www.scribd.com.
20. Statement of the WHO Working Group on COVID-19 Animal Models (WHO-COM) about the UK and South African SARS-CoV-2 new variants (PDF), World Health Organization, ngày 22 tháng 12 năm 2020, truy cập ngày 23 tháng 12 năm 2020
21. Lowe, Derek (ngày 22 tháng 12 năm 2020). “The New Mutations”. In The Pipeline. American Association for the Advancement of Science. Bản gốc lưu trữ ngày 29 tháng 1 năm 2021. Truy cập ngày 23 tháng 12 năm 2020. I should note here that there’s another strain in South Africa that is bringing on similar concerns. This one has eight mutations in the Spike protein, with three of them (K417N, E484K and N501Y) that may have some functional role.
22. “Novel mutation combination in spike receptor binding site” (Thông cáo báo chí). GISAID. ngày 21 tháng 12 năm 2020. Bản gốc lưu trữ ngày 22 tháng 2 năm 2021. Truy cập ngày 23 tháng 12 năm 2020.
23. Chand, Meera; Hopkins, Susan; Dabrera, Gavin; Achison, Christina; Barclay, Wendy; Ferguson, Neil; Volz, Erik; Loman, Nick; Rambaut, Andrew; Barrett, Jeff (ngày 21 tháng 12 năm 2020). Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01 (PDF) (Bản báo cáo). Public Health England. Truy cập ngày 23 tháng 12 năm 2020.
24. “PHE investigating a novel strain of COVID-19”. Public Health England. ngày 14 tháng 12 năm 2020.
25. Rambaut, Andrew; Loman, Nick; Pybus, Oliver; Barclay, Wendy; Barrett, Jeff; Carabelli, Alesandro; Connor, Tom; Peacock, Tom; L. Robertson, David; Vol, Erik (2020). Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations (Bản báo cáo). Written on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK. Truy cập ngày 20 tháng 12 năm 2020.
26. Kupferschmidt, Kai (ngày 20 tháng 12 năm 2020). “Mutant coronavirus in the United Kingdom sets off alarms but its importance remains unclear”. Science Mag (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 21 tháng 12 năm 2020.
27. “Covid: Ireland, Italy, Belgium and Netherlands ban flights from UK”. BBC News. ngày 20 tháng 12 năm 2020.
28. “New evidence on VUI-202012/01 and review of the public health risk assessment”.
29. “COG-UK Showcase Event - YouTube”. www.youtube.com. Truy cập ngày 25 tháng 12 năm 2020.
30. “6 countries find coronavirus at mink farms; fears mutation could hinder vaccine”. The Times of Israel. ngày 8 tháng 11 năm 2020. Truy cập ngày 9 tháng 11 năm 2020. Italy, the Netherlands, Spain and Sweden are the other nations to have discovered SARS-CoV-2 in minks, WHO said in a statement.
31. “De fleste restriktioner læmpes i Nordjylland” [most restrictions eased in North Jutland]. Sundheds- og Ældreministeriet. ngày 19 tháng 11 năm 2020.

1. ^ In another source, GISAID name a set of 7 clades without the O clade but including a GV clade.^[6]