Tập dữ liệu COVID-19

Tập dữ liệu COVID-19 là các cơ sở dữ liệu công khai nhằm chia sẻ dữ liệu các ca bệnh và thông tin y tế liên quan đến đại dịch COVID-19.

Dữ liệu tổng hợp

Hoa Kỳ

Tình nguyện/phi chính phủ

Nhà xuất bản	Ngày xuất bản lần đầu	Được sử dụng chính thức?	Tần suất cập nhật	Cấp độ địa lý	Chuỗi thời gian	Điểm xét nghiệm	Số xét nghiệm	Số ca	Số ca nhập viện	Số tử vong	Điểm tiêm chủng	Số liệu tiêm chủng	Mô tả
Coders Against COVID/GISCorps[1]	22 tháng 3 năm 2020[2]	Có, bởi FEMA[3] và Tiểu bang California[4]	Hàng ngày	Điểm (kinh độ/vĩ độ)	Có	Có	Không	Không	Không	Không	Có	Không	Một tập dữ liệu các địa điểm xét nghiệm COVID-19 tại Hoa Kỳ và Puerto Rico
USAFacts[5]	24 tháng 4 năm 2020[6]	Có, bởi CDC[7]	Hàng ngày	Quận	Có	Không	Không	Có		Có	Không	Không	Một tập dữ liệu các ca nhiễm và tử vong do virus corona ở cấp độ quận (hạt) được cập nhật hàng ngày
COVID Tracking Project[8]	7 tháng 3 năm 2020[9]	Không	Hàng ngày	Tiểu bang	Có	Không	Có	Có	Có	Có	Không	Không	Một cơ sở dữ liệu được quản lý bởi tình nguyện viên, chứa các số liệu về xét nghiệm và y tế tại Hoa Kỳ
Phân tích quan điểm đánh giá người dùng về các ứng dụng di động truy vết tiếp xúc COVID-19[10][11]	Tháng 3 năm 2021												Tập dữ liệu này nhằm hỗ trợ cho việc phân tích quan điểm đối với đánh giá của người dùng về các ứng dụng di động truy vết tiếp xúc COVID-19.

Bộ Y tế và Dịch vụ Nhân sinh

Tên	Cấp độ địa lý	Chuỗi thời gian	Điểm xét nghiệm	Số xét nghiệm	Số ca	Số ca nhập viện	Số tử vong	Điểm tiêm chủng	Số liệu tiêm chủng
COVID-19 Diagnostic Laboratory Testing (PCR Testing) Time Series Lưu trữ 2021-03-12 tại Wayback Machine	Tiểu bang	Có	Không	Có	Không	Không	Không	Không	Không
COVID-19 Reported Patient Impact and Hospital Capacity by Facility Lưu trữ 2021-03-12 tại Wayback Machine	Điểm (kinh độ/vĩ độ)	Có	Không	Không	Không	Có	Không	Không	Không
COVID-19 Estimated Patient Impact and Hospital Capacity by State Lưu trữ 2021-03-12 tại Wayback Machine	Tiểu bang	Không	Không	Không	Không	Có	Không	Không	Không
COVID-19 Reported Patient Impact and Hospital Capacity by State Lưu trữ 2021-03-08 tại Wayback Machine	Tiểu bang	Không	Không	Không	Không	Có	Không	Không	Không
COVID-19 Reported Patient Impact and Hospital Capacity by State Timeseries Lưu trữ 2021-03-10 tại Wayback Machine	Tiểu bang	Có	Không	Không	Không	Có	Không	Không	Không

Toàn cầu

• Johns Hopkins Coronavirus Resource Center: Dữ liệu tổng hợp toàn cầu bao gồm số ca nhiễm, xét nghiệm, truy vết tiếp xúc và phát triển vắc-xin^[12]
• World Health Organization (WHO) Coronavirus Disease Dashboard: một cơ sở dữ liệu số ca nhiễm và tử vong được báo cáo trên toàn cầu và được phân chia theo vùng.^[13] Đây là một phần của Nền tảng Dữ liệu Y tế WHO (WHO Health Data Platform).^[14]
• COVID-19 Africa Open Data Project: một cơ sở dữ liệu và bảng tóm tắt dữ liệu do tình nguyện viên điều hành, báo cáo số ca nhiễm, tử vong, số ca nhiễm ở các nhân viên y tế, các dịch vụ chăm sóc y tế và nhu cầu cấp thiết ở các cấp độ vùng, quốc gia và quận.^[15]

Trung tâm dữ liệu

• Health Data Research UK cung cấp một danh mục các nguồn dữ liệu y tế từ Anh Quốc, trong đó có các tập dữ liệu liên quan đến COVID-19.
• NIH Open Access Datasets: Viện Y tế Quốc gia Hoa Kỳ (NIH) cung cấp dữ liệu mở và các nguồn dữ liệu tính toán liên quan đến COVID-19.^[16]
• COVID-19 Open Research Dataset (CORD-19): Dự án Semantic Scholar của Viện Trí tuệ Nhân tạo Allen lưu trữ CORD-19, một tập dữ liệu công khai các bài viết học thuật về COVID-19 và các nghiên cứu liên quan.^[17] Tập dữ liệu này được cập nhật hàng ngày và bao gồm cả các bài viết đã được thẩm định và các bản in trước.^[18] CORD-19 được phát hành lần đầu vào ngày 16 tháng 3 năm 2020 bởi các nhà nghiên cứu và lãnh đạo từ Viện Trí tuệ Nhân tạo Allen, Sáng kiến Chan Zuckerburg, Trung tâm An ninh và Công nghệ Mới nổi của Đại học Georgetown, Microsoft và Thư viện Y khoa Quốc gia Hoa Kỳ.^[19] Tập dữ liệu được xây dựng nhờ sử dụng khai thác văn bản đối với các văn bản nghiên cứu hiện có.^[20]

Các nguồn tài nguyên cụ thể và đặc biệt

Hệ gen học

• Dữ liệu chuỗi gen truy cập mở của SARS-CoV-2 được cung cấp bởi GISAID^[21] và được đưa vào một bảng cây phát sinh chủng loại có tính tương tác ^[22] trên Nextstrain, một dự án dữ liệu bộ gen mầm bệnh nguồn mở.^[23]

Hình ảnh (X-quang)

• Các đặc trưng trên ảnh chụp X-quang và ảnh chụp cắt lớp vi tính (CT) của người có triệu chứng là những tổn thương dạng kính mờ bất đối xứng mà không có tràn dịch màng phổi.^[24] Đại học Montreal và viện nghiên cứu Mila đã xây dựng "Bộ dữ liệu hình ảnh COVID-19" (COVID-19 Image Data Collection) vào tháng 3; đây là một danh mục dữ liệu công khai các ảnh chụp X-quang phổi.^[25][26][27] Ngân hàng dữ liệu Hình ảnh Y khoa tại Valencia đã phát hành một tập dữ liệu lớn các ảnh chụp phổi từ Tây Ban Nha.^[28][29] Hiệp hội X-quang Ý đang tổng hợp một cơ sở dữ liệu trực tuyến toàn cầu các ảnh chụp ở những ca nhiễm đã được xác nhận.^[30] Các nền tảng như Eurorad và Radiopaedia phục vụ việc chia sẻ các dữ liệu và ảnh chụp ở các ca nhiễm COVID-19.^[31][32]

Tham khảo

1. Torpey, Holly; Caballero, M.D., Jorge A. (biên tập). “COVID-19 Testing Sites Data”. GISCorps/Coders Against COVID Testing Site Data (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 14 tháng 12 năm 2020.
2. “Volunteer group develops a COVID-19 testing location database for the U.S.”. TechCrunch (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 3 tháng 2 năm 2021.^{[liên kết hỏng]}
3. “App of the Week: COVID-19 Testing Sites Locator”. Federal Emergency Management Agency (FEMA) (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 3 tháng 2 năm 2021.
4. “COVID-19 Testing Sites in California”. www.arcgis.com. Truy cập ngày 3 tháng 2 năm 2021.
5. “US Coronavirus Cases and Deaths”. USAFacts.org (bằng tiếng Anh). 3 tháng 2 năm 2021. Truy cập ngày 3 tháng 2 năm 2021.
6. “Detailed Methodology and Sources: COVID-19 Data”. USAFacts (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 3 tháng 2 năm 2021.
7. “Coronavirus Outbreak Stats & Data”. USAFacts (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 3 tháng 2 năm 2021.
8. Stephens, Autumn. “Tracking Star in Oakland”. Diablo Magazine (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 18 tháng 9 năm 2020.
9. “About Us”. The COVID Tracking Project (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 3 tháng 2 năm 2021.
10. Ahmad, Kashif (2021). “A Benchmark Dataset for Sentiment Analysis of Users' Reviews on COVID-19 Contact Tracing Applications”. Harvard Dataverse. doi:10.7910/DVN/1RDRCM.
11. Ahmad, Kashif (2021). "Sentiment Analysis of Users' Reviews on COVID-19 Contact Tracing Apps with a Benchmark Dataset". arΧiv:2103.01196 [cs.CL]. 
12. “Home”. Johns Hopkins Coronavirus Resource Center (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 18 tháng 9 năm 2020.
13. “WHO Coronavirus Disease (COVID-19) Dashboard”. covid19.who.int (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 18 tháng 9 năm 2020.
14. “World Health Data Platform - WHO”. www.who.int (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 18 tháng 9 năm 2020.
15. “COVID-19 Africa Open Data”. Bản gốc lưu trữ ngày 9 tháng 1 năm 2021. Truy cập ngày 16 tháng 11 năm 2020.
16. “Open-Access Data and Computational Resources to Address COVID-19 | Data Science at NIH”. datascience.nih.gov. Truy cập ngày 13 tháng 10 năm 2020.
17. “CORD-19 | Semantic Scholar”. www.semanticscholar.org (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 13 tháng 10 năm 2020.
18. “Analysis of COVID-19 publications identifies research gaps”. EurekAlert! (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 13 tháng 10 năm 2020.
19. “Call to Action to the Tech Community on New Machine Readable COVID-19 Dataset”. whitehouse.gov (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 13 tháng 10 năm 2020 – qua National Archives.
20. “NLM Leverages Data, Text Mining to Sharpen COVID-19 Research Databases”. governmentciomedia.com (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 13 tháng 10 năm 2020.
21. “GISAID”. www.gisaid.org. Truy cập ngày 29 tháng 12 năm 2020.
22. “Nexstrain SARS-CoV-2 Dashboard”. nextstrain.org. Truy cập ngày 29 tháng 12 năm 2020.
23. “Nextstrain”. docs.nextstrain.org. Truy cập ngày 29 tháng 12 năm 2020.
24. Li Y, Xia L (tháng 3 năm 2020). “Coronavirus Disease 2019 (COVID-19): Role of Chest CT in Diagnosis and Management”. American Journal of Roentgenology. 214 (6): 1280–1286. doi:10.2214/AJR.20.22954. PMID 32130038. S2CID 212416282.
25. “COVID-19 related projects”. Mila. COVID-19 image data collection. Truy cập ngày 12 tháng 7 năm 2020.
26. “COVID-19 image data collection”. GitHub. Truy cập ngày 12 tháng 7 năm 2020.
27. Cohen, Joseph (25 March 2020). "COVID-19 image data collection". arΧiv:2003.11597 [eess.IV]. 
28. “BIMCV-COVID19, Datasets related to COVID19's pathology course”. Medical Imaging Databank in Valencian Region Medical. Truy cập ngày 12 tháng 7 năm 2020.
29. de la Iglesia Vayá, Maria (1 June 2020). "BIMCV COVID-19+: a large annotated dataset of RX and CT images from COVID-19 patients". arΧiv:2006.01174 [eess.IV]. 
30. “COVID-19 Database”. Società Italiana di Radiologia Medica e Interventistica (bằng tiếng Ý). Truy cập ngày 11 tháng 3 năm 2020.
31. “Pneumothorax and pneumomediastinum: a rare complication in the evolution of COVID-19 pneumonia”. Eurorad. Truy cập ngày 12 tháng 7 năm 2020.
32. Bell, Daniel; Knipe, Henry. “COVID-19 (summary)”. Radiopaedia. Truy cập ngày 12 tháng 7 năm 2020.