Vòng 1: 12 đội (xếp hạng 35–46) thi đấu 2 lượt trên sân nhà và sân khách.
Vòng 2: 40 đội (các đội bóng xếp hạng 1–34 và 6 đội thắng vòng 1) được chia thành tám bảng, thi đấu vòng tròn hai lượt trên sân nhà và sân khách. Tám đội nhất bảng và bốn đội xếp thứ 2 có thành tích tốt nhất sẽ giành quyền vào vòng loại cuối cùng giải vô địch bóng đá thế giới 2018 cũng như giành vé tham dự vòng chung kết Cúp bóng đá châu Á 2019.
Vòng 3: 12 đội (tăng thêm 2 đội so với 2014) sẽ được chia thành hai bảng 6 đội, thi đấu vòng tròn hai lượt trên sân nhà và sân khách. 2 đội đứng đầu mỗi bảng sẽ giành suất trực tiếp đến giải vô địch bóng đá thế giới 2018, và 2 đội xếp thứ 3 sẽ tiến thẳng vào vòng 4.
Vòng 4: Hai đội xếp thứ 3 ở 2 bảng sẽ thi đấu với nhau trên hai lượt đi-lượt về để xác định đội giành vé chơi trận play-off liên lục địa.
Có tất cả có 46 hiệp hội quốc gia FIFA từ AFC vào tham gia vòng loại.[5] Để xác định các quốc gia sẽ thi đấu ở vòng 1 và các quốc gia đó sẽ nhận được một tạm biệt vào vòng 2, bảng xếp hạng bóng đá nam FIFA của tháng 1 năm 2015 đã được sử dụng (ghi trong dấu ngoặc đơn), vì đó là bảng xếp hạng được công bố mới nhất trước khi lễ bốc thăm vòng 1. Bảng xếp hạng bóng đá nam FIFA của tháng 1 năm 2015 cũng đã được sử dụng cho hạt giống của lễ bốc thăm vòng 1; Tuy nhiên, đối với hạt giống ở vòng 2 và lễ bốc thăm vòng 3, bảng xếp hạng bóng đá nam FIFA gần đây nhất trước khi những lễ bốc thăm sẽ được sử dụng.
^Trận đấu giữa Malaysia và Ả Rập Saudi vào ngày 8 tháng 9 năm 2015 đã buộc phải hoãn lại ở phút 87 do cổ động viên Malaysia đã ném bom khói và pháo sáng xuống sân khi tỉ số đang là 2–1 nghiêng về đội khách. Đến ngày 5 tháng 10 năm 2015, ủy ban kỷ luật của FIFA chính thức ra quyết định xử Malaysia thua 0–3.[15][16]
^FIFA xử Iran thắng 3–0 do sử dụng cầu thủ Eugeneson Lyngdoh của Ấn Độ không đủ điều kiện thi đấu.[17] Trận đấu khi đó kết thúc với tỉ số 3–0 nghiêng về Iran.
^Vào ngày 30 tháng 5 năm 2015, FIFA đã chính thức cấm Hiệp hội bóng đá Indonesia (PSSI) tham gia vào các hoạt động bóng đá do để chính phủ can thiệp quá sâu vào nội bộ bóng đá nước này.[18] Vào ngày 3 tháng 6 năm 2015, AFC khẳng định rằng Indonesia đã bị loại khỏi từ đang thi đấu vòng loại, và tất cả các trận đấu của họ tham gia đã bị hủy bỏ.[19]
^ abcVào ngày 16 tháng 10 năm 2015, FIFA chính thức cấm Hiệp hội bóng đá Kuwait (KFA) tham gia vào các hoạt động bóng đá từ Ủy ban Điều hành FIFA do chính phủ can thiệp vào nội bộ bóng đá nước này.[20] Trận đấu giữa Myanmar và Kuwait dự định diễn ra vào ngày 17 tháng 11 năm 2015 không thể diễn ra như dự kiến,[21] và ngày 13 tháng 1 năm 2016, Kuwait bị xử thua Myanmar 0–3.[22] Cặp đấu Kuwait gặp Lào và Hàn Quốc gặp Kuwait dự kiến diễn ra vào các ngày 24 và 29 tháng 3 năm 2016 không thể diễn ra theo đúng lịch, và đến ngày 6 tháng 4, FIFA xử Kuwait thua Hàn Quốc và Lào với cùng tỷ số 0–3.[23]
Như một kết quả của Indonesia đang bị loại bởi hệ thống treo FIFA, Nhóm F chỉ chứa bốn đội so với năm đội trong tất cả các nhóm khác. Do đó, kết quả so với đội thứ năm đặt không được tính khi xác định thứ hạng của các đội nhì bảng.[25]
Nguồn: FIFA Quy tắc xếp hạng: 1) Số điểm từ các trận đấu với 4 đội xếp hạng đầu tiên trong bảng; 2) Hiệu số bàn thắng cao nhất từ các trận đấu này; 3) Số cao nhất của bàn thắng đã ghi bàn trong các trận đấu này; 4) Play-off
Vòng 3 bao gồm hai bảng 6 đội. Hai đội đầu tiên trong mỗi bảng được vượt qua vòng loại vào giải vô địch bóng đá thế giới 2018. Hai đội xếp thứ ba tiến thẳng vào vòng 4.
Hai đội xếp thứ ba trong mỗi bảng từ vòng 3 sẽ chơi với nhau mỗi khác sân nhà và sân khách trên hai lượt để xác định đội nào sẽ tiến thẳng vào vòng play-off liên lục địa.
Lễ bốc thăm cho vòng playoff liên lục địa đã được tổ chức như là một phần của Giải vô địch bóng đá thế giới 2018 vòng loại sơ bộ bốc thăm vào ngày 25 tháng 7 năm 2015, bắt đầu từ lúc 18:00 MSK (UTC+03:00), tại Cung Konstantinovsky ở Strelna, Sankt-Peterburg.[28] Các đội xếp thứ 5 từ AFC đã được rút ra với đội xếp thứ 4 từ CONCACAF, với đội chủ nhà AFC lượt về.[29]
^“World Cup draw looms large in Asia”. FIFA.com. ngày 13 tháng 4 năm 2015. Bản gốc lưu trữ ngày 16 tháng 4 năm 2015. Truy cập ngày 13 tháng 10 năm 2016. Completing the tournament's qualifying contenders will be the next 16 highest ranked teams, with the remaining 12 sides battling it out in play-off matches to claim the last eight spots.