Năm Đinh Mùi (1667), lúc 19 tuổi, sư xuất gia học đạo với Hòa thượng Bổn Quả - Khoáng Viên ở chùa Bảo Tự, và được ban pháp danh là Nguyên Thiều, pháp tự là Hoán Bích, pháp hiệu là Thọ Tông
Đầu năm 1691, chúa Nguyễn Phúc Trăn mất, con là Nguyễn Phúc Chu lên thay. Năm 1692, sư được chúa Nguyễn cử làm trụ trì chùa Phổ Thành ở làng Hà Trung (nên còn được gọi là chùa Hà Trung; nay thuộc xã Vinh Hà, huyện Phú Vang, tỉnh Thừa Thiên-Huế). Tại đây, sư đã thiết trí một tượng Bồ TátQuan Âm bằng đá thỉnh từ Trung Quốc[7].
Giải thích vì sao sư phải rời chùa Quốc Ân, đến làm trụ trì chùa Hà Trung, là một ngôi chùa nhỏ hơn, một số tài liệu đã cho biết: Ngay khi mới lên ngôi (1691), chúa Nguyễn Phúc Chu hãy còn trọng dụng sư Nguyên Thiều như chúa Nguyễn Phúc Trăn đã quý trọng. Nhưng năm 1692, một người Hoa tên A Ban (sau đổi tên là Ngô Lãng) cùng với một số tướng sĩ Chiêm Thành nổi lên chống chúa Nguyễn ở trấn Thuận Thành (đất Ninh Thuận, Bình Thuận ngày nay), khiến chúa phải sai Cai cơ Nguyễn Hữu Cảnh dẫn quân đi đánh dẹp. Qua biến cố này, có thể chúa Nguyễn đã không còn tin ở sự trung thành của người Hoa như trước. Có thể vì vậy, chúa Nguyễn đã cử sư Nguyên Thiều đi làm trụ trì chùa Hà Trung năm 1692.[8]
Đến ở chùa Hà Trung được ít lâu, thì sư vào đất Đồng Nai ẩn tích và hoằng hóa cho những lưu dân người Việt và người Hoa đã đến làm ăn sinh sống ở nơi ấy. Sau đó, sư lập chùa Kim Cang ở ấp Bình Thảo, thuộc dinh Trấn Biên (nay thuộc xã Tân Bình, huyện Vĩnh Cửu, tỉnh Đồng Nai).
Giải thích cho việc vào Nam của Sư, sách Lịch sử Phật giáo Đàng Trong có đoạn viết:
Năm Ất Hợi (1695), ở Quảng Ngãi có người lái buôn tên Linh (không rõ họ), tự xưng Linh Vương, tạo chiến thuyền, đúc binh khí, rồi cùng người ở Qui Ninh (tức Quy Nhơn) tên Quảng Phú hợp nhau vào rừng núi đi cướp bóc. Quan quân không dẹp được, khiến chúa sai dinh Quảng Nam, hợp với hai phủ Quảng Ngãi và Quy Ninh đem quân đi đánh... Khi quan quân đến sơn trại thì Linh đã chết, Quảng Phú trốn vào Phú Yên, bị dân thiểu số bắt đem nạp... Chắc chắn là cuộc nổi loạn này cũng đã làm liên lụy đến sư Nguyên Thiều, vì Quảng Phú là người Hoa kiều (giống như A Ban trước đây) ở Quy Ninh, vốn là người đồng hương với Sư, lại nổi lên ở nơi sư lập chùa Thập Tháp Di Đà [9].
Một hôm, sư Nguyên Thiều lâm bệnh, họp môn đồ lại dặn dò mọi việc và truyền bài kệ rằng:
Phiên âm Hán -Việt:
Tịch tịch kính vô ảnh
Minh minh châu bất dung
Đường đường vật phi vật
Liêu liêu không vật không.
Dịch thơ:
Lặng lẽ gương không chiếu bóng
Sáng trưng ngọc chẳng thu hình
Rõ ràng vật không phải vật
Mênh mông không chẳng là không.
(Nguyễn Lang, Việt Nam Phật giáo Sử luận, tr.590) [10]
Đại ý sư muốn khai thị với chúng tăng rằng "cái thể của pháp thân thanh tịnh sáng suốt như gương trong, không lưu lại một ảnh trần, như ngọc minh châu trong suốt bóng sáng không tì vết. Tuy hiện tiền mọi sự vật có muôn ngàn sai khác nhưng không phải là vật có thật. Còn cái thể pháp thân vắng lặng thường trú, vắng lặng nhưng không phải trống rỗng"[11].
Thiền sư Nguyên Thiều viên tịch tại chùa Kim Cang (Đồng Nai) ngày 19 tháng 10 năm Mậu Thân (tức 20 tháng 11 năm 1728), thọ 80 tuổi. Sau đó, đồ chúng lập tháp chứa di cốt của sư ở trong khuôn viên chùa.
Tháng Tư năm Kỷ Dậu (1729), nhân ngày lễ Phật Đản, chúa Nguyễn Phúc Chú ban thụy hiệu cho sư là Hạnh Đoan Thiền sư và làm bài minh cho khắc vào bia dựng tại "tháp vọng" ở Huế, tán thán công đức của sư [12].
Thiền sư Nguyên Thiều còn có pháp danh là Siêu Bạch, vì sư đã quy y với cả Thiền sư Hành Quả - Khoáng Viên và Thiền sư Đạo Mân - Mộc Trần. Thiền sư Khoáng Viên đặt pháp danh cho sư là Siêu Bạch, còn Thiền sư Đạo Mân thì đặt cho sư là Nguyên Thiều[13].
Một số sách như Đại Nam nhất thống chí (mục "Thừa Thiên phủ"), Việt Nam Phật giáo sử luận (tập 2, tr. 184), Thiền sư Việt Nam (tr. 432), v.v... đều chép rằng sư Nguyên Thiều "xuất gia năm 1667 ở Trung Quốc, sang Việt Nam năm 1665".
Tuy nhiên, theo tác giả sách Lịch sử Phật giáo Đàng Trong (tr. 103), thì sư Nguyên Thiều sang Đại Việt vào năm Đinh Tỵ (1677), chứ không phải năm Ất Tỵ (1655), bởi đây là việc "nhớ lầm hoặc biên chép lầm". Trước đó, Linh mục Cadière trong bài "La Pagode Quốc Ân: Le Fondateur" (Vị khai sơn chùa Quốc Ân) đăng trong tạp chí Bullein des amis du vieux Hue (xuất bản 1914, tr. 147-161), Hòa thượng Như Trí trong Phật Tổ tâm đăng (sách chữ Hán, viết năm 1925), cũng đều ghi là năm 1677, sau khi nêu lên nhầm lẫn này. Và đáng tin cậy hơn cả là cuốn Chính Truyền Nhứt Chi: Từ Trung Thiên đến Trung Hoa và Trung Việt (sách chữ Hán, không rõ năm biên soạn) của Hòa thượng Diệu Nghiêm (1726-1798, người sống sau sư Nguyên Thiều không lâu), cũng chép là năm 1677. Gần đây, trong sách của TT. Thích Tâm Tuệ (Lược sử Phật giáo Việt Nam, tr. 429), Nguyễn Tài Thư (Lịch sử Phật giáo Việt Nam, tr. 343), Tài liệu Tu học do Ban hướng dẫn Trung ương Gia đình Phật tử Việt Nam (tu chỉnh năm 2006, nguồn đã dẫn) cũng đều chép là năm 1677.
Sách Đại Nam Liệt Truyện Tiền Biên nói rằng sư Nguyên Thiều có phụng mệnh chúa Nguyễn Phúc Trăn sang Quảng Đông (Trung Quốc) rước Thiền sư Thạch Liêm (tức Thích Đại Sán) và thỉnh pháp khí. Bia đá ở chùa Quốc Ân do chúa Nguyễn Phúc Chú đề năm 1729 cũng nói vậy (và một số sách cũng theo đó mà chép lại).
Nhưng theo Thiền sư Thích Nhất Hạnh, thì sư Nguyên Thiều chưa từng mời Thạch Liêm. Sách Hải Ngoại Kỷ Sự do Thạch Liêm viết cho biết ông sang Đại Việt năm 1695 với một người bạn và nhiều đệ tử của ông, và cũng không hề đề cập gì đến sư Nguyên Thiều [14].
Sách Lịch sử Phật giáo Đàng Trong (tr. 123, 133 và 166) chép tương tự, nhưng cho rằng sư Nguyên Thiều có đến mời sư Thạch Liêm, và có thời ở chung với nhau trong một chùa. Nhưng sư Thạch Liêm không đi mà chỉ cử đệ tử của mình là Hưng Liên sang Đại Việt (Sư Hưng Liên sau được chúa Nguyễn phong Quốc sư). Vì mối thâm tình ấy, nên khi sang Đại Việt (1894 - 1895), mà không gặp sư Nguyên Thiều ở chùa Hà Trung (vì lúc này sư đã lánh vào Nam), sư Thạch Liêm có nhắc tới người bạn tu trong 2 câu cuối của một bài thơ:
Theo một sách trước đây, thì Thiền sư Nguyên Thiều viên tịch ở chùa Hà Trung. Sau đó, đồ chúng xây tháp (gọi là tháp Hóa Môn) ở bên đồi nhỏ ở xóm Thuận Hòa, thuộc làng Dương Xuân Thượng (ở gần chùa Trúc Lâm, thành phố Huế ngày nay) để chứa nhục thân của Sư.
Tuy nhiên, theo Lịch sử Phật giáo Đàng Trong (tr. 143) và Tài liệu Tu học do Ban hướng dẫn Trung ương Gia đình Phật tử Việt Nam (nguồn đã dẫn), thì sư mất ở chùa Kim Cang (Đồng Nai) và được lập tháp chứa di cốt ở đây. Còn ở Huế chỉ là "tháp vọng" của đồ chúng xứ Thuận Hóa mà thôi.
Sau khi hoàn thành sứ mạng tốt đẹp, sư Nguyên Thiều được chúa Nguyễn hỗ trợ mở một Đại Giới đàn để truyền giới cho một số nhà sư từ Trung Quốc mới sang, một số nhà sư thuộc thiền phái Trúc Lâm còn lại, cùng một số tăng sĩ trẻ ở Đàng Trong. Kể từ khi đó, ở Đàng Trong hầu hết các chùa đều thuộc phái thiền Lâm Tế[6].
^Theo HT. Thích Thanh Từ (Thiền sư Việt Nam, tr. 433) và Nguyễn Hiền Đức, "Ảnh hưởng của Tổ sư Nguyên Thiều đối với Phật giáo Đồng Nai-Gia Định" (tr. 37).
^Năm 1651, chúa Nguyễn Phúc Tần cho đổi tên Quy Nhơn thành Quy Ninh. Năm 1742, chúa Nguyễn Phúc Khoát cho lấy tên Quy Nhơn như cũ. Nguồn: Bài viết "Tìm về phố cổ Quy Nhơn trong lịch sử" của TS. Đinh Bá Hòa đăng trên website báo Bình Định ngày 22 tháng 8 năm 2012[1].
^Chùa Thập Tháp Di Đà nằm giữa một vùng quê cách trung tâm thành phố Quy Nhơn khoảng 30 km về phía Bắc, thuộc thôn Vạn Thuận. Theo văn bia tại chùa ghi lại, thì sau khi đến Quy Ninh, năm Đinh Tỵ (1677), sư lập ngôi chùa nhỏ để tham thiền và hoằng dương Phật pháp. Năm 1680, chùa chính thức được xây dựng quy mô lớn lấy hiệu là "Thập Tháp Di Đà Tự", và khánh thành năm Quý Hợi (1683). Sau này, năm Minh Mạng nguyên niên (1820), chùa được vua sắc phong là "Sắc Tứ Thập Tháp Di Đà Tự". Nguồn: "Chùa Thập Tháp Di Đà – Di tích danh thắng miền Trung", bản điện tử: [2]Lưu trữ 2013-03-23 tại Wayback Machine và [3]. Theo Việt Nam Phật giáo sử luận (tập 2, tr. 184), vì sau chùa có mười ngôi tháp cổ của Chăm nên được gọi là Thập Tháp. Gọi là Di Đà vì trong chùa có thờ PhậtA Di Đà.
^Nguyễn Hiền Đức, "Ảnh hưởng của Tổ sư Nguyên Thiều đối với Phật giáo Đồng Nai-Gia Định", tr. 26.
^Tháp Phổ Đồng ở Thuận Hóa đã bị phá hủy khi quân Tây Sơn đánh chiếm Phú Xuân năm 1786, nên không biết hình dạng ngôi tháp thế nào, và thờ ai (ghi chú của sách Lịch sử Phật giáo Đàng Trong, tr. 133).
^ abcNguyễn Hiền Đức, "Ảnh hưởng của Tổ sư Nguyên Thiều đối với Phật giáo Đồng Nai-Gia Định", tr. 37.
^Nhà sư Nguyên Thiều đã đem đặt ở đây một tượng Bồ Tát Quan Âm bằng đá, ở tư thế ngồi, cao 1,33 m, mang từ Trung Quốc sang. Tượng hiện nay vẫn còn. Ngoài ra còn có hai tượng Phật Di Đà bằng gỗ, phủ sơn và chuông đồng đúc năm 1672. Nguồn: "Chùa Hà Trung" trên website Thừa Thiên-Huế [4]Lưu trữ 2014-04-10 tại Wayback Machine.
^Nguồn: Lịch sử Phật giáo Đàng Trong, (tr. 122) và "Ảnh hưởng của Tổ sư Nguyên Thiều đối với Phật giáo Đồng Nai-Gia Định", tr. 37.
^Ngoài hai cuộc nổi loạn của người Hoa là A Ban và Quảng Phú, lúc ấy, ở Đàng Trong còn có một cuộc nổi dậy nữa. Theo sử liệu thì vào năm Giáp Tuất (1694), Chưởng cơ Nguyễn Phước Huệ và Nguyễn Phước Thông (con của Thiếu sư Nguyễn Phước Diễn) mưu loạn. Bị Chưởng cơ Nguyễn Phước Nhuận tố giác. Phước Huệ, Phước Thông và 7 người đồng mưu đều bị giết. Rõ ràng các cuộc bạo động trên đã làm liên lụy ít nhiều đến phái Lâm Tế ở Đàng Trong. Theo tài liệu, thì trong khoảng năm 1692-1694, Thiền sư Minh Hải-Pháp Bảo (đệ tử của Thiền sư Nguyên Thiều) cũng đã phải rời chùa Chúc Thánh ở Quảng Nam trốn núi Thiên Ấn ở Quảng Ngãi, đổi tên họ và pháp danh (lược kể theo Lịch sử Phật giáo Đàng Trong, tr. 122).
^Biên theo Lịch sử Phật giáo Việt Nam (Nguyễn Tài Thư làm chủ biên), tr. 344.
^Căn cứ theo bia "Sắc tứ Hà Trung tự - Hoán Bích Thiền sư tháp ký minh". Bản rập hiện có tại Bảo tàng Lịch sử Thành phố Hồ Chí Minh, hoặc xem trong Lịch sử Phật giáo Đàng Trong, tr. 98-99.
^Theo Lược sử Phật giáo Việt Nam (Thượng tọa Thích Tâm Tuệ biên soạn, tr. 430). Trong sách Lịch sử Phật giáo Việt Nam (Nguyễn Tài Thư làm chủ biên, tr. 345) kể tương tự.
^Xem chi tiết trong Việt Nam Phật giáo sử luận, tập 2, tr. 185 và 210.
^Sau khi đến viếng Hà Trung, Hòa thượng Thạch Liêm có làm ba bài thơ vịnh chùa Hà Trung. Trong bản dịch Hải ngoại kỷ sự của Đại học Huế có chép đủ cả ba bài thơ này (theo Lịch sử Phật giáo Đàng Trong, tr. 129).
Nguyễn Lang (tức Thiền sư Thích Nhất Hạnh), Việt Nam Phật giáo sử luận (tập 2). Nhà xuất bản Văn Học, 1992.
Thích Thanh Từ, Thiền sư Việt Nam, Thành hội Phật giáo TP. Hồ Chí Minh xuất bản, 1992.
Thích Tâm Tuệ, Lược sử Phật giáo Việt Nam. Thành hội Phật giáo TP. Hồ Chí Minh xuất bản, 1993.
Nhiều người soạn (Nguyễn Tài Thư làm chủ biên), Lịch sử Phật giáo Việt Nam. Nhà xuất bản Khoa học xã hội, 1991.
Nguyễn Hiền Đức, Lịch sử Phật giáo Đàng Trong. Nhà xuất bản Thành phố Hồ Chí Minh, 1995.
Nguyễn Hiền Đức, "Ảnh hưởng của Tổ sư Nguyên Thiều đối với Phật giáo Đồng Nai-Gia Định" in trong sách Hội thảo khoa học 3000 năm Phật giáo Gia Định-Sài Gòn-Thành phố Hồ Chí Minh. Nhà xuất bản Tp. HCM, 2000.